Paddenstoelen vervullen een belangrijke rol in het bosecosysteem. Zo breken ze dood organisch materiaal af en werken ze middels symbiose samen met bomen, waarvan zowel de bomen als de paddenstoelen profiteren. Paddenstoelen zijn zeer gevoelig voor veranderende omstandigheden en reageren snel op milieu- en klimaatveranderingen. Om die reden worden ze beschouwd als goede indicator voor ecosysteemkwaliteit. Sinds 1998 worden paddenstoelen in bossen en lanen op zandgronden systematisch gemonitord in het meetnet bospaddenstoelen. 

Binnen bospaddenstoelen wordt onderscheid gemaakt tussen drie functionele soortgroepen. Ectomycorrhizapaddenstoelen vormen symbiose met bomen. Ze voorzien bomen van voedingsstoffen in ruil voor suikers en beschermen hen tegen droogte en ziekten. De schimmeldraden vormen een netwerk in de bodem dat meerdere bomen, zelfs van verschillende soorten, aan elkaar kan verbinden. Bijvoorbeeld de hanenkam, ook wel bekend als de cantharel, en eekhoorntjesbrood vallen onder deze groep.

Saprotrofe grondbewoners leven van dood organisch materiaal zoals bladstrooisel of andere plantenresten. Hiermee helpen ze bij de afbraak van organisch materiaal in onze bossen. Voorbeelden van deze soorten zijn de nevelzwam en het elfenschermpje. 

Tenslotte zijn er nog de hout-parasitaire soorten die, zoals de naam al doet vermoeden, het hout van bomen parasiteren en zo leven ten koste van de boom. Hiermee spelen zij een belangrijke rol in het begrenzen van de leeftijd van bomen en het terugbrengen van voedingsstoffen in de kringloop. Het proces van aftakeling, nadat de parasitaire schimmel zich heeft gevestigd, is vaak erg traag, wat zorgt voor een geschikt habitat voor veel andere soorten in het bos. De tonderzwam en berkenzwam zijn bekende soorten binnen deze groep.

 In de jaren ’70 en ’80 van de vorige eeuw daalde het aantal soorten bospaddenstoelen als gevolg van de hoge zwavel- en stikstofdepositie. Vanaf halverwege de jaren ’90 zijn maatregelen genomen om de stikstofdepositie terug te dringen, wat resulteerde in enig herstel van de bospaddenstoelen met een positieve trend als gevolg. Echter, vanaf 2010 stagneerde dit herstel, waarschijnlijk doordat de daling in stikstofdepositie stopte en er meer droge en hete zomers volgden. Vanaf 2010 is er dus weer sprake van een daling in de trend van bospaddenstoelen. 

Strooiselafbrekers (saprotrofe grondbewoners) vertonen een relatief stabiele trend, al geldt dit niet voor alle individuele soorten. Tot en met 2006 is een lichte toename te zien, gevolgd door een daling naar het niveau van 1994. Onder invloed van stikstofdepositie verandert wel de soortensamenstelling van de afbrekers. Soorten die goed zijn in het afbreken van complexe chemische verbindingen nemen af, terwijl opportunistische soorten minder last hebben en soms zelfs toenemen. Dit gaat gepaard met veranderingen in de enzymproductie, wat weer leidt tot een vertraagde afbraak van meer complexe verbindingen en dus strooiselophoping tot gevolg heeft.

Hout-parasitaire paddenstoelen nemen tot ongeveer 2010 toe, waarna ze weer dalen tot net iets boven het niveau van 1994. De toename kan verklaard worden door de toename in het volume dood hout als gevolg van een veranderd bosbeheer.

De grootste verschuivingen zien we bij de ectomycorrhizasoorten. Een forse toename tot 2010, gevolgd door een scherpe daling. Echter het niveau ligt nog steeds substantieel boven dat van 1994. De daling na 2010 wordt voornamelijk veroorzaakt door de stagnering van de stikstofreductie en de toename van gereduceerd stikstof (ammoniak, NH₃). Er bestaan dan ook grote verschillen tussen stikstoftolerante en stikstofminnende soorten.